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Transcriptome analysis of the short-lived fish Nothobranchius furzeri
Altersforschung wird erschwert durch die lange Lebensspanne der verwendeten Modellorganismen. Der türkise Prachtgrundkärpfling Nothobranchius furzeri hat die kürzeste Lebensspanne, die je für Wirbeltiere in Gefangenschaft ermittelt wurde. Weiterhin zeigen Populationen aus Gebieten mit verschiedenen klimatischen Bedingungen große Unterschiede, welche auch bei den abgeleiteten Laborstämmen beobachtet werden können Daher eignet sich N. furzeri als Modellorganismus für die Altersforschung. Das erste Ziel dieser Arbeit war, einen umfassenden Katalog aller Transkripte der Protein-kodierenden Gene von N. furzeri zu erstellen. Dafür wurden 13 cDNA-Banken mit Sanger, 454/Roche und Solexa/Illumina sequenziert. Insgesamt 47 Gb an Sequenzdaten wurden erzeugt. Der resultierende Transkriptkatalog enthält Sequenzen für 19.875 Proteinkodierende Gene, davon 71% mit dem vollständigen Proteinkodierenden Bereich. Der zweite Teil dieser Arbeit beschreibt Untersuchungen zu Veränderungen der Genexpression in alternden N. furzeri. Dabei wurden junge und alte N. furzeri des Laborstammes GRZ sowie des Laborstammes MZM-0403, welcher fast doppelt so alt wie GRZ wird, mittels RNA-seq untersucht. Es konnten in Gehirn und Haut 86 Gene mit signifikanten Veränderungen in der Expressionshöhe nachgewiesen werden. Diese spielen dabei eine Rolle in biologischen Prozessen mit bekanntem Alternsbezug. Für eine große Zahl (41%) dieser Gene konnten zudem ähnliche Veränderungen auch im alternden Zebrafisch nachgewiesen werden. Der Vergleich der Veränderungen zwischen den beiden Stämmen legt nahe, dass der Alterungsprozess in GRZ schneller verläuft als in MZM-0403. Zusammengefasst habe ich in dieser Arbeit einen umfassenden N. furzeri Transkriptkatalog erstellt und erste Einblicke in die Veränderungen der Genexpression alternder N. furzeri gegeben. ; Age research is hindered by the long lifespan of the current vertebrate model organisms. The African killifish Nothobranchius furzeri has the shortest lifespan recorded for vertebrates in captivity. ...
Transcriptome analysis of the short-lived fish Nothobranchius furzeri
Altersforschung wird erschwert durch die lange Lebensspanne der verwendeten Modellorganismen. Der türkise Prachtgrundkärpfling Nothobranchius furzeri hat die kürzeste Lebensspanne, die je für Wirbeltiere in Gefangenschaft ermittelt wurde. Weiterhin zeigen Populationen aus Gebieten mit verschiedenen klimatischen Bedingungen große Unterschiede, welche auch bei den abgeleiteten Laborstämmen beobachtet werden können Daher eignet sich N. furzeri als Modellorganismus für die Altersforschung. Das erste Ziel dieser Arbeit war, einen umfassenden Katalog aller Transkripte der Protein-kodierenden Gene von N. furzeri zu erstellen. Dafür wurden 13 cDNA-Banken mit Sanger, 454/Roche und Solexa/Illumina sequenziert. Insgesamt 47 Gb an Sequenzdaten wurden erzeugt. Der resultierende Transkriptkatalog enthält Sequenzen für 19.875 Proteinkodierende Gene, davon 71% mit dem vollständigen Proteinkodierenden Bereich. Der zweite Teil dieser Arbeit beschreibt Untersuchungen zu Veränderungen der Genexpression in alternden N. furzeri. Dabei wurden junge und alte N. furzeri des Laborstammes GRZ sowie des Laborstammes MZM-0403, welcher fast doppelt so alt wie GRZ wird, mittels RNA-seq untersucht. Es konnten in Gehirn und Haut 86 Gene mit signifikanten Veränderungen in der Expressionshöhe nachgewiesen werden. Diese spielen dabei eine Rolle in biologischen Prozessen mit bekanntem Alternsbezug. Für eine große Zahl (41%) dieser Gene konnten zudem ähnliche Veränderungen auch im alternden Zebrafisch nachgewiesen werden. Der Vergleich der Veränderungen zwischen den beiden Stämmen legt nahe, dass der Alterungsprozess in GRZ schneller verläuft als in MZM-0403. Zusammengefasst habe ich in dieser Arbeit einen umfassenden N. furzeri Transkriptkatalog erstellt und erste Einblicke in die Veränderungen der Genexpression alternder N. furzeri gegeben. ; Age research is hindered by the long lifespan of the current vertebrate model organisms. The African killifish Nothobranchius furzeri has the shortest lifespan recorded for vertebrates in captivity. ...
Transcriptome analysis of the short-lived fish Nothobranchius furzeri
Petzold, Andreas (author) / Platzer, Matthias / Guthke, Reinhard / Dahl, Andreas
2014-09-11
Theses
Electronic Resource
English
British Library Online Contents | 2015
Production of Short Lived, Intensive Light Impulses
| NTIS | 1967