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Associations of SNPs and phenotypic variables of breeding value in poplars
Bewertungen des Wachstumscharakters einer Reihe von Pappel-Sorten aus den Sektionen Aigeiros und Tacamahaca einschließlich intra- und intersektionaler Hybriden wurden im Kamp der Zuchtstation in Hann. Münden gemacht. Der SNP-Charakter jeder Sorte wurde durch Resequenzierung von fünf Kandidaten-Genen bestimmt, [cinnamyl alcohol dehydrogenase-like (cad-like, gibberellic acid 20-oxidase (GA20ox), C-repeat binding factor 1 (cbf1), teosinte branched-like1 (tb1), phytochrome B2 (phyB2) and clavata1 (clv1)]. Die Daten aus der Sanger-Sequenzierung der PCR-Produkte (beide Richtungen) erlaubte die Erstellung einer Konsensus-Sequenz mit Hilfe der Software CodonCodeAligner 3.7.1. Heterozygote Allele waren als Einzel-Nukleotid-Überlagerungen einfach zu erkennen. Mit Hilfe des Internet-basierten Programm SNPStats (Sole et al. 2006), und des R-Paketes: SNPassoc [R, Version 2.14.1, (R development core team 2011)] wurden signifikante Assoziationen von SNPs mit phänotypischen Merkmalen wie Höhen- und Durchmesserwachstum, Kronenform und Beastungsdichte offensichtlich. Die charakterisierten SNP-Marker erlauben die Genotypisierung bestehender und künftiger Zuchtpopulationen. ; Evaluations of the growth characters of a set of poplar cultivars including members of the sections Aigeiros and Tacamahaca as well as intra- and intersectional hybrids were made in experimental fields situated nearby the breeding station in Hann. Münden (Germany). The SNP character of each cultivar was determined by resequencing of five candidate genes [cinnamyl alcohol dehydrogenaselike (cad-like, gibberellic acid 20-oxidase (GA20ox), C-repeat binding factor 1 (cbf1), teosinte branched-like1 (tb1), phytochrome B2 (phyB2) and clavata1 (clv1)]. The data from Sanger sequencing (both directions) of the PCR products allowed the creation of a consensus sequence using the software CodonCodeAligner 3.7.1. Heterozygous alleles could be simply recognized as single nucleotide overlays. Using the internet-based program SNPStats (Sole et al. 2006) and the R-Package: ...
Associations of SNPs and phenotypic variables of breeding value in poplars
Bewertungen des Wachstumscharakters einer Reihe von Pappel-Sorten aus den Sektionen Aigeiros und Tacamahaca einschließlich intra- und intersektionaler Hybriden wurden im Kamp der Zuchtstation in Hann. Münden gemacht. Der SNP-Charakter jeder Sorte wurde durch Resequenzierung von fünf Kandidaten-Genen bestimmt, [cinnamyl alcohol dehydrogenase-like (cad-like, gibberellic acid 20-oxidase (GA20ox), C-repeat binding factor 1 (cbf1), teosinte branched-like1 (tb1), phytochrome B2 (phyB2) and clavata1 (clv1)]. Die Daten aus der Sanger-Sequenzierung der PCR-Produkte (beide Richtungen) erlaubte die Erstellung einer Konsensus-Sequenz mit Hilfe der Software CodonCodeAligner 3.7.1. Heterozygote Allele waren als Einzel-Nukleotid-Überlagerungen einfach zu erkennen. Mit Hilfe des Internet-basierten Programm SNPStats (Sole et al. 2006), und des R-Paketes: SNPassoc [R, Version 2.14.1, (R development core team 2011)] wurden signifikante Assoziationen von SNPs mit phänotypischen Merkmalen wie Höhen- und Durchmesserwachstum, Kronenform und Beastungsdichte offensichtlich. Die charakterisierten SNP-Marker erlauben die Genotypisierung bestehender und künftiger Zuchtpopulationen. ; Evaluations of the growth characters of a set of poplar cultivars including members of the sections Aigeiros and Tacamahaca as well as intra- and intersectional hybrids were made in experimental fields situated nearby the breeding station in Hann. Münden (Germany). The SNP character of each cultivar was determined by resequencing of five candidate genes [cinnamyl alcohol dehydrogenaselike (cad-like, gibberellic acid 20-oxidase (GA20ox), C-repeat binding factor 1 (cbf1), teosinte branched-like1 (tb1), phytochrome B2 (phyB2) and clavata1 (clv1)]. The data from Sanger sequencing (both directions) of the PCR products allowed the creation of a consensus sequence using the software CodonCodeAligner 3.7.1. Heterozygous alleles could be simply recognized as single nucleotide overlays. Using the internet-based program SNPStats (Sole et al. 2006) and the R-Package: ...
Associations of SNPs and phenotypic variables of breeding value in poplars
Gebhardt, Karl (author) / Hoffmann, Marion (author) / Fladung, Matthias (author) / Janßen, Alwin (author)
2015-01-01
Article (Journal)
Electronic Resource
English
Poplars , phytochrome B2 , SNPs , teosinte branched-like1 , Text , Pappeln , clavata1
DDC:
690
Chinese Fir Breeding in the High-Throughput Sequencing Era: Insights from SNPs
| DOAJ | 2019
Plant Water Use and Crop Curves for Hybrid Poplars
| British Library Online Contents | 2000
Letter from America - We look at genetically modifying poplars to improve phytoremediation
Online Contents | 1999
Ecole d'architecture et de paysage Bordeaux (33) Jean de Giacinto Composite poplars
British Library Online Contents | 2004