A platform for research: civil engineering, architecture and urbanism
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Development of an open biomolecular mesoscopic simulation environment for the study of cyclotide/membrane interactions
SPICES (Simplified Particle Input ConnEction Specification) ist eine partikelbasierte Molekülstrukturdarstellung, die von der atomaren SMILES-Zeilennotation abgeleitet ist. Sie zielt darauf ab, langwierige und fehleranfällige Molekülstrukturdefinitionen für partikelbasierte mesoskopische Simulationstechniken wie die Dissipative Partikeldynamik zu unterstützen, indem ein Zusammenspiel verschiedener molekularer Kodierungsebenen ermöglicht wird, die von topologischen Zeilennotationen und entsprechenden Partikel-Graph-Visualisierungen bis hin zu 3D-Strukturen mit Unterstützung ihrer räumlichen Positionierung in einer Simulationsbox reichen. Eine offene Java-Bibliothek für die Handhabung von SPICES-Strukturen und die Unterstützung mesoskopischer Simulationen in Kombination mit einer offenen Java-Viewer-Anwendung für die visuelle topologische Inspektion von SPICES-Definitionen wird bereitgestellt. Jdpd ist ein offener Java-Simulationskern für die Dissipative Partikeldynamik mit parallelisierbarer Kraftberechnung, effizienten Caching-Optionen und schnellen Eigenschaftsberechnungen. Er zeichnet sich durch ein schnittstellen- und mustergetriebenes Design für einfache Code-Änderungen aus und kann helfen, Probleme der polyglotten Programmierung zu vermeiden. Detaillierte Ein-/Ausgabe-Kommunikation, Parallelisierung und Prozesssteuerung sowie interne Protokollierungsmöglichkeiten für Debugging-Zwecke werden unterstützt. Der neue Kernel kann in verschiedenen Simulationsumgebungen eingesetzt werden, die von flexiblen Skripting-Lösungen bis hin zu voll integrierten "All-in-one"-Simulationssystemen reichen. MFsim ist eine offene Java-All-in-one-Rich-Client-Computerumgebung für mesoskopische Simulationen mit Jdpd als Standard-Simulationskern für die Dissipative Partikeldynamik. Die neue Umgebung umfasst die komplette Triade Vorbereitung-Simulation-Auswertung einer mesoskopischen Simulationsaufgabe und ermöglicht insbesondere biomolekulare Simulationsaufgaben mit Peptiden und Proteinen. Schwerpunkte sind ein ...
Development of an open biomolecular mesoscopic simulation environment for the study of cyclotide/membrane interactions
SPICES (Simplified Particle Input ConnEction Specification) ist eine partikelbasierte Molekülstrukturdarstellung, die von der atomaren SMILES-Zeilennotation abgeleitet ist. Sie zielt darauf ab, langwierige und fehleranfällige Molekülstrukturdefinitionen für partikelbasierte mesoskopische Simulationstechniken wie die Dissipative Partikeldynamik zu unterstützen, indem ein Zusammenspiel verschiedener molekularer Kodierungsebenen ermöglicht wird, die von topologischen Zeilennotationen und entsprechenden Partikel-Graph-Visualisierungen bis hin zu 3D-Strukturen mit Unterstützung ihrer räumlichen Positionierung in einer Simulationsbox reichen. Eine offene Java-Bibliothek für die Handhabung von SPICES-Strukturen und die Unterstützung mesoskopischer Simulationen in Kombination mit einer offenen Java-Viewer-Anwendung für die visuelle topologische Inspektion von SPICES-Definitionen wird bereitgestellt. Jdpd ist ein offener Java-Simulationskern für die Dissipative Partikeldynamik mit parallelisierbarer Kraftberechnung, effizienten Caching-Optionen und schnellen Eigenschaftsberechnungen. Er zeichnet sich durch ein schnittstellen- und mustergetriebenes Design für einfache Code-Änderungen aus und kann helfen, Probleme der polyglotten Programmierung zu vermeiden. Detaillierte Ein-/Ausgabe-Kommunikation, Parallelisierung und Prozesssteuerung sowie interne Protokollierungsmöglichkeiten für Debugging-Zwecke werden unterstützt. Der neue Kernel kann in verschiedenen Simulationsumgebungen eingesetzt werden, die von flexiblen Skripting-Lösungen bis hin zu voll integrierten "All-in-one"-Simulationssystemen reichen. MFsim ist eine offene Java-All-in-one-Rich-Client-Computerumgebung für mesoskopische Simulationen mit Jdpd als Standard-Simulationskern für die Dissipative Partikeldynamik. Die neue Umgebung umfasst die komplette Triade Vorbereitung-Simulation-Auswertung einer mesoskopischen Simulationsaufgabe und ermöglicht insbesondere biomolekulare Simulationsaufgaben mit Peptiden und Proteinen. Schwerpunkte sind ein ...
Development of an open biomolecular mesoscopic simulation environment for the study of cyclotide/membrane interactions
van den Broek, Karina (author) / Epple, Matthias
2021-09-15
Theses
Electronic Resource
English
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