A platform for research: civil engineering, architecture and urbanism
A platform for research: civil engineering, architecture and urbanism
Molecular microbial eukaryote diversity in five rift valley lakes and description of three ciliates species from lake Bogoria, Kenya
Die molekulare Diversität, Phylogenie und taxonomische Zusammensetzung von Protisten-Gesellschaften aus fünf Rift Valley Seen in Kenia wurden mit klassischer Mikroskopie und der 454 Pyrosequenzierungs-Technik untersucht. Insgesamt erhielt ich 96.555 Amplikons (Durchschnittslänge 250 bp), von denen 33,8% Metazoen und andere Nicht-Zielorganismen waren. Die restlichen eukaryotischen Amplikons wurden taxonomischen Einheiten (operational taxonomic units – OTUs) zugeordnet, die durch den besten Treffer für jedes Amplikon des Basic Local Alignment Search Toolfür Nukleotide (BLAST) in der National Center for Biotechnology Information Datenbank (NCBI) definiert wurden. Die taxonomische Vielfalt der Protisten war hoch und die 18s-rRNA-Amplikons wurden neun hochrangigen taxonomischen Gruppen zugeordnet. Die 746 eingruppierten OTUs hatten eine Übereinstimmung mit den Referenzsequenzen von 97%. Die meisten gefundenen Sequenzen wurden den Alveolata zugeordnet (27,2% der Gesamtsequenzen, zumeist Ciliophora). Weitere taxonomische Gruppen, denen viele Sequenzen zugeordnet wurden, waren: Stramenopiles (14,2%), Fungi (11,2%), Chlorophyta (11,1%) und Cryptophyta (9%). Auch nicht weiter klassifizierte Sequenzen (unclassified environmetal Sequentes – ES) machten mit 13,2% einen größen Teil der Gesamtsequenzen aus. Nach der Analyse über rarefaction ergab sich bei einem Level von je 1000 Einzelsequenzen eine Zuordnung zu 13 bis 148 OTUs pro Probe. Die Diverstität der Protisten zeigte spezifische räumliche Verteilungsmuster in den Seen, die mit vorliegenden Umweltvariablen, insbesondere dem Salzgehalt, korrelierten. Vertiefende Analysen mit dem Fokus auf Ciliaten und Chlorophyta zeigten eine Vielfalt, die durch eine hohe Anzahl von Amplikons in den Süßwasserseen gekennzeichnet war. Des Weiteren führe ich eine taxonomische Beschreibungen der drei Ciliatenspezies (Frontonia alkalina sp. cand., Euplotes endoroisi sp. cand. und Condylostoma bogoriense sp. cand.) aus dem Lake Bogoria basierend auf morphologischen Merkmalen durch. Die ...
Molecular microbial eukaryote diversity in five rift valley lakes and description of three ciliates species from lake Bogoria, Kenya
Die molekulare Diversität, Phylogenie und taxonomische Zusammensetzung von Protisten-Gesellschaften aus fünf Rift Valley Seen in Kenia wurden mit klassischer Mikroskopie und der 454 Pyrosequenzierungs-Technik untersucht. Insgesamt erhielt ich 96.555 Amplikons (Durchschnittslänge 250 bp), von denen 33,8% Metazoen und andere Nicht-Zielorganismen waren. Die restlichen eukaryotischen Amplikons wurden taxonomischen Einheiten (operational taxonomic units – OTUs) zugeordnet, die durch den besten Treffer für jedes Amplikon des Basic Local Alignment Search Toolfür Nukleotide (BLAST) in der National Center for Biotechnology Information Datenbank (NCBI) definiert wurden. Die taxonomische Vielfalt der Protisten war hoch und die 18s-rRNA-Amplikons wurden neun hochrangigen taxonomischen Gruppen zugeordnet. Die 746 eingruppierten OTUs hatten eine Übereinstimmung mit den Referenzsequenzen von 97%. Die meisten gefundenen Sequenzen wurden den Alveolata zugeordnet (27,2% der Gesamtsequenzen, zumeist Ciliophora). Weitere taxonomische Gruppen, denen viele Sequenzen zugeordnet wurden, waren: Stramenopiles (14,2%), Fungi (11,2%), Chlorophyta (11,1%) und Cryptophyta (9%). Auch nicht weiter klassifizierte Sequenzen (unclassified environmetal Sequentes – ES) machten mit 13,2% einen größen Teil der Gesamtsequenzen aus. Nach der Analyse über rarefaction ergab sich bei einem Level von je 1000 Einzelsequenzen eine Zuordnung zu 13 bis 148 OTUs pro Probe. Die Diverstität der Protisten zeigte spezifische räumliche Verteilungsmuster in den Seen, die mit vorliegenden Umweltvariablen, insbesondere dem Salzgehalt, korrelierten. Vertiefende Analysen mit dem Fokus auf Ciliaten und Chlorophyta zeigten eine Vielfalt, die durch eine hohe Anzahl von Amplikons in den Süßwasserseen gekennzeichnet war. Des Weiteren führe ich eine taxonomische Beschreibungen der drei Ciliatenspezies (Frontonia alkalina sp. cand., Euplotes endoroisi sp. cand. und Condylostoma bogoriense sp. cand.) aus dem Lake Bogoria basierend auf morphologischen Merkmalen durch. Die ...
Molecular microbial eukaryote diversity in five rift valley lakes and description of three ciliates species from lake Bogoria, Kenya
Ong'ondo, Geoffrey Odhiambo (author) / Boenigk, Jens
2016-10-14
Theses
Electronic Resource
English
Mercury in fish from three rift valley lakes (Turkana, Naivasha and Baringo), Kenya, East Africa
| Online Contents | 2003
Hydroclimatic analysis of rising water levels in the Great rift Valley Lakes of Kenya
| DOAJ | 2021