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METHODS AND SYSTEMS FOR PREDICTING MISFOLDED PROTEIN EPITOPES
A method and system to identify an epitope unique to a misfolded form of a protein is provided. Sets of one or more amino acid residues are selected from a model representing the structure of the protein; the free energy of unfolding of each set is determined; and the epitope is identified from the sets having a total probability of unfolding above a minimum probability or a free energy of unfolding below a minimum energy. In other aspects, the invention provides for the use of epitopes identified by the epitope prediction methods, and related antibodies, to diagnose and treat disease and to screen samples for the presence of such epitopes.
L'invention porte sur un procédé et un système pour identifier un épitope unique à une forme mal repliée d'une protéine. Des ensembles d'un ou plusieurs résidus d'acides aminés sont sélectionnés à partir d'un modèle représentant la structure de la protéine ; l'énergie libre de dépliement de chaque ensemble est déterminée ; et l'épitope est identifié à partir des ensembles ayant une probabilité totale de dépliement au-dessus d'une probabilité minimale ou une énergie libre de dépliement au-dessous d'une énergie minimale. Sous d'autres aspects, l'invention porte sur l'utilisation d'épitopes identifiés par les procédés de prédiction d'épitope, et sur des anticorps apparentés, pour diagnostiquer et traiter une maladie et pour cribler des échantillons pour la présence de tels épitopes.
METHODS AND SYSTEMS FOR PREDICTING MISFOLDED PROTEIN EPITOPES
A method and system to identify an epitope unique to a misfolded form of a protein is provided. Sets of one or more amino acid residues are selected from a model representing the structure of the protein; the free energy of unfolding of each set is determined; and the epitope is identified from the sets having a total probability of unfolding above a minimum probability or a free energy of unfolding below a minimum energy. In other aspects, the invention provides for the use of epitopes identified by the epitope prediction methods, and related antibodies, to diagnose and treat disease and to screen samples for the presence of such epitopes.
L'invention porte sur un procédé et un système pour identifier un épitope unique à une forme mal repliée d'une protéine. Des ensembles d'un ou plusieurs résidus d'acides aminés sont sélectionnés à partir d'un modèle représentant la structure de la protéine ; l'énergie libre de dépliement de chaque ensemble est déterminée ; et l'épitope est identifié à partir des ensembles ayant une probabilité totale de dépliement au-dessus d'une probabilité minimale ou une énergie libre de dépliement au-dessous d'une énergie minimale. Sous d'autres aspects, l'invention porte sur l'utilisation d'épitopes identifiés par les procédés de prédiction d'épitope, et sur des anticorps apparentés, pour diagnostiquer et traiter une maladie et pour cribler des échantillons pour la présence de tels épitopes.
METHODS AND SYSTEMS FOR PREDICTING MISFOLDED PROTEIN EPITOPES
PROCEDES ET SYSTEMES POUR PREDIRE DES EPITOPES DE PROTEINE MAL REPLIES
CASHMAN NEIL R (author) / PLOTKIN STEVEN S (author) / GUEST WILLIAM C (author)
2021-05-25
Patent
Electronic Resource
English
IPC:
C07K
PEPTIDES
,
Peptide
/
G16B
/
A61K
Zubereitungen für medizinische, zahnärztliche oder kosmetische Zwecke
,
PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL, OR TOILET PURPOSES
/
A61P
SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
,
Spezifische therapeutische Aktivität von chemischen Verbindungen oder medizinischen Zubereitungen
/
C04B
Kalk
,
LIME
/
G01N
Untersuchen oder Analysieren von Stoffen durch Bestimmen ihrer chemischen oder physikalischen Eigenschaften
,
INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
Methods and systems for predicting misfolded protein epitopes
| European Patent Office | 2015
Mitochondrial DNA Mutations, Apoptosis, and the Misfolded Protein Response
| British Library Online Contents | 2005
SUPREX Analysis of a Misfolded Disease-Related Variant of Alanine:Glyoxylate Aminotransferase
| British Library Conference Proceedings | 2008
Predicting linear B-cell epitopes by using sequence-derived structural and physicochemical features
| British Library Online Contents | 2012
Predicting linear B-cell epitopes by using sequence-derived structural and physicochemical features
| British Library Online Contents | 2012